Tổng năng lực chứa kho tương đương gần 100.000 tấn hàng nông sản. Hệ thống 6 kho đều nằm trong khu vực Cảng thuận tiện cho việc nhập/ xuất hàng hóa của các khách hàng. Các kho đều đảm bảo kết cấu để lưu trữ hàng hóa trong điều kiện tốt nhất. Hệ thống băng tải được lắp đặt nhằm đẩy nhanh tốc độ xếp hàng vào kho cũng như tăng hệ số vum trong kho. Cảng Quảng Ninh đã lập phương án xây dựng thêm các kho mới, hiện đại nhằm đáp ứng nhu cầu lưu trữ hàng hóa trong kho ngày một tăng cao của khách hàng.
| STT | Kho | Diện tích (m2) | Bãi | Diện tích (m2) |
| 1 | CQN - 01 | 4,600 | Bến 1 | 38,000 |
| 2 | CQN - 02 | 4,600 | Bến 5 | 26,000 |
| 3 | CQN - 03 | 1,700 | Bến 6 | 52,000 |
| 4 | CQN - 05 | 10,500 | Bến 7 | 49,000 |
| 5 | CQN - 06 | 5,500 |
|
|
| 6 | CQN - 08 | 2,500 |
|
|
| Tổng |
| 29,400 |
| 165,000 |
Bãi container
Bãi thiết bị